《中共中央國務院關于深化醫藥衛生體制改革的意見》強調，要大力推進醫藥衛生信息化建設。但是，目前國內許多醫院信息化建設都是各自為政，開發的系統數據結構和格式不統一，無法互聯互通，造成資源和資金的浪費。另外，國內的醫療信息化建設還存在個人隱私、信息安全等問題。

對于醫療信息技術整體水平低和缺乏統一標準的問題，一位業內專家用“戰國時代”來形容當前的醫療信息技術市場。以北京為例，3000多家醫療信息企業形成了白熱化的競爭，微利之下企業根本沒有錢去搞研發，技術水平低下。而且沒有形成產品、技術和服務的整體集成，與國外在購買軟件、硬件、服務方面的投入各占三成不同，我國購買醫療信息產品時，硬件和軟件的投入各占到70%和30%，人的服務缺位。

“在醫院的醫療信息化項目招標中，沒有形成統一的標準，對相關行業沒有一個準入門檻，導致市場上產品良莠不齊，很多醫院購買的軟件用了兩三年就不行了，然后推倒重來。此外標準不統一也造成了醫院之間的信息共享障礙。”上述專家呼吁政府對醫療信息產業設立準入門檻，同時出臺一套統一的標準，對整個市場進行規范。

中國社會科學院醫療與產業發展研究中心執行主任趙強表示，醫療信息化前期需要大筆資金投入，包括對操作流程進行重新設計及對醫護和管理人員進行大量培訓，這需要大量人力、物力和時間的投入，能不能成功還有一定風險，即便成功其經濟效益也不可能立竿見影。所以一個地區、一家醫院是不是進行大規模的醫療信息化改造，資金如何籌措，達到什么目標，效果如何評估，都影響著這個決策的結果。

趙強建議，政府首先應該鼓勵和擴大在醫療信息基礎建設方面的投入，也就是醫療機構電子病歷系統的建設和應用，包括二三級醫院和基層醫療機構。在這一目標達成的同時，鼓勵這些機構統一行動進行信息共享，減少重復檢查等醫療資源浪費現象，提高醫療效率。